linpe包-让发送和接收数据分析更快和更容易

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1.简介

通常在R中从来进行分析和展现的数据都是以基本的格式保存的,如.csv或者.Rdata,然后使用.Rmd文件来进行分析的呈现。通过这个方式,分析师不仅可以呈现他们的统计分析的结果,还可以直接生成pdf和html文件,节省了大量的时间。但是,当你想要给其他人参阅你的文档的时候,你就需要编译.Rmd文件,并且必须要有以下两个文件:

  • the data
  • the knitted .Rmd

如果可以嵌入分析到数据中并且只需发送一个文件,则会让人感到非常更加简单。而linpe包(作者:Andrea Spanò)实现了该功能,其实现功能描述如下:

 

简而言之,linpe包为您提供了一套简介的功能,你可以将.Rmd分析作为一个属性嵌入到数据中,然后将结果存为一个对象到一个单一的文件中,发送该文件给需要的用户,该用户可以使用该文件将.Rmd渲染为.pdf或者.html文件。此外,如果接受该文件的人想添加或修改内容,linpe包允许提取并且可以编辑.Rmd文件。

2.如何使用?

2.1创建.Rmd文件

首先,假设您完成了一个分析并且存为.Rmd文件,例如下面的test-linpe.Rmd文件:

---

title: "Test linpe"

output: html_document

---

```{r setup, include=FALSE}

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

```

```{r, message = FALSE}

require(dplyr)

require(ggplot2)

```

Do something

```{r}

mtcars %>%

 tbl_df() %>%

 group_by(cyl) %>%

 summarise(n = n(), mean_mpg = mean(mpg), sd_mpg = sd(mpg))

```

Plot something

```{r}

ggplot(mtcars, aes(disp, mpg)) + geom_point()

```

其显示为HTML文件后为:

 

 

2.2安装linpe包

library(devtools)

devtools::install_github('quantide/linpe')

library(linpe)

 

2.3链接数据

require(linpe)

# Link .Rmd to the data using linpe

mtcars_linpe <- link(mtcars, file = "test-linpe.Rmd")

 

2.4存储为.Rdata文件

# Save the linked dataset as an Rdata file

save(mtcars_linpe, file = "mtcars-linpe.Rdata"  )

 

2.5加载.Rdata文件

# Reload

load("mtcars-linpe.Rdata")

 

2.6查询是否为linked数据的linpe对象

# Check name of linpes

linpe(mtcars_linpe)

##########################

## Output

##########################

# [1] "test-linpe"

 

2.7渲染linpe对象

# Render the linpe

perform(mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")

 

 

2.8提取可编辑的原始.Rmd文件

# Display .Rmd linked to the linpe

display(mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")

 

2.9从data.frame中移除linpe属性

mtcars_linpe <- unlink (mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")

linpe(mtcars_linpe)

##########################

## Output

##########################

# No limpe in mtcars_linpe 

# character(0)

 

3.linpe包函数介绍

 

 

link

 

link(data, file, linpe = NULL)

data    一个数据框对象 指.Rmd文件中使用的数据集

file    字符串向量,指向一个.Rmd文件位置

linpe   字符串向量,提供了linpe(分析)的名称,当没有指定的话,使用默认值设置为NULL,则该linpe名称由file参数指定的文件名推导出,即去掉文件类型后缀(.Rmd)

示例:

file <- paste(find.package("linpe"), "rmd/test-linpe.rmd", sep = "/")

# analysis is saved with default name

mtcars_linpe <- link (mtcars, file = file)

attr(mtcars_linpe, "test-linpe")

# analysis is saved with specific name

mtcars_linpe <- link (mtcars, file, linpe = "this-linpe")

attr(mtcars_linpe, "this-linpe")

 

unlink

 

unlink(data, linpe)

data   一个数据框对象 指.Rmd文件中使用的数据集

linpe  字符串向量,提供了linpe(分析)的名称  

file <- paste(find.package("linpe"), "rmd/test-linpe.rmd", sep = "/")

mtcars_linpe <- link (mtcars, file = file)

linpe(mtcars_linpe)

mtcars_linpe <- unlink (mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")

linpe(mtcars_linpe)

 

display

 

display(data, linpe)

data   一个数据框对象 指.Rmd文件中使用的数据集

linpe  字符串向量,提供了linpe(分析)的名称  

返回值:

invisible(NULL) and, as side effect, opens the '.rmd' linked to the linpe

示例:

data(mtcars_linpe)

display(mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")

 

linpe

 

linpe(data)

data   一个数据框对象 指.Rmd文件中使用的数据集

返回值:

list of linpes associated to data

示例:

data(mtcars_linpe)

linpe(mtcars_linpe)

linpe(mtcars)

 

perform

Perform(data, linpe, ...)

data   一个数据框对象 指.Rmd文件中使用的数据集

linpe  字符串向量,提供了linpe(分析)的名称

...    any parameter to be passed to function rmarkdown::render

返回值:

invisible(NULL) and, as side effect, renders the '.rmd' file corrensponding to the analysis and display it in the default html viewer

示例:

data(mtcars_linpe)

perform(mtcars_linpe, "test-linpe")

 

4.英文原文

http://www.quantide.com/linpe-make-sending-receiving-data-analysis-faster-easier/

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